pato w1+2

euchromatyna

chromatyna luźna – aktywna genetycznie chromatyna (aktywna genetycznie tzn? ulegająca procesowi transkrypcji - czyli mówiąc prościej jest ona aktywnie odczytywna.)

heterochromatyna –

chromatyna luźna – nieaktywna genetycznie Heterochromatyna (zwana konstytutywną) jest wysoce i trwale skondensowana

heterochromatynizacja

Heterochromatyna zwana fakultatywną powstaje z euchromatyny, w wyniku procesu zwanego "heterochromatynizacją", powodującego wyciszenie genów

nukleosomy to

segmenty DNA złożone z ok. 146-147 par zasad (skrót; pz, czy z ang. bp) nawinięte na 8 histonów rdzeniowych (po dwa histony H2A, H2B, H3 i H4 - tzw. oktamer histonowy)

Nukleosomy są połączone

łącznikowym (linkerowym) DNA różnej długości (zazwyczaj od 10 do 90 pz), który z kolei związany jest z łącznikowym histonem H1.

sekwencjami kotwiczącymi MAR lub SAR

Matrix Associated Region/Scaffold Attachment Region – przyjęto nazywać je wspólnie S/MAR)

Funkcjonalna rola S/MAR

wiąże się z ich zdolnością do oddziaływań z regulatorowymi białkami macierzy jądrowej (NMPs, ang. nuclear matrix proteins) i dotyczy utrzymania zróżnicowanego statusu transkrypcyjnego w obrębie określonych domen

epigenetyczne modyfikacje zarówno DNA, jak i histonów

metylacja, acetylacja, fosforylacja, ubikwitynacja, biotynylacja, ADP-rybozylacja oraz sumoilacja

deacylazy histonów (HDAC)

które jak sama nazwa wskazuje odwracają proces acetylacji reszt aminokwasowych w histonach, a których inhibitory są obecnie wykorzystywane w leczeniu nowotworów.

Przykłady zatwierdzonych przez FDA leków będących inhibitorami deacylazy histonów

Vorinostat, Romidepsin, Panobinostat, czy Belinostat

hematoksylina barwi

barwi jądra na niebiesko/fioletowo; hematoksylina wiąże się do grup fosforanowych DNA jądra komórkowego

eozyna

która barwi cytoplazmę na różowo/czerwono

Ludzki genom składa się z ok.

3,2 mld pz DNA.

W obrębie genomu znajduje się jedynie ok ... genów kodujących białka co stanowi...

20 000 – 25 000 genów kodujących białka, co stanowi tylko 1,5 % całości genomu

Mikro RNA (miRNA

to grupa krótkich (21-23 nukleotydy) jednoniciowych, niekodujących RNA, które regulują ekspresję genów na poziomie posttranskrypcyjnym

Podstawy pętli chromatynowych stanowi

specyficzna klasa sekwencji DNA – S/MAR - będąca miejscem przyczepu do macierzy jądrowej

Gęstosć upakowania nukleosomów jest większa w

euchromatynie

Sekwencje S/MAR wykazują potencjał

wiązania się do białek NM i dzięki temu chromatyna może tworzyć struktury wyższego rzędu

obecne w podstawach pętli chromatynowych sekwencje S/MAR zdolne są do interakcji z

NMP i tworzenia funkcjonalnych domen

Włókno 30 nm stanowi

pierwszy poziom kondensacji układów nukleosomowych

Wyciszenie genów w euchromatynie jest spowodowane

przez odwracalną jej kondensację, która zachodzi w wyniku epigenetycznych modyfikacji DNA oraz histonów

Nukleosom to

najmniejsza, powtarzająca się podjednostka strukturalna chromatyny

Nukleosom zbudowany jest z

z odcinka DNA, którego około 147 pz nawiniętych jest wokół 8 histonów rdzeniowych tworzących oktamer

Markery predykcyjne

Wskazują na potencjalną odpowiedź na planowane, konkretne leczenie (określają prawdopodobieństwo uzyskania remisji w przypadku zastosowania określonej metody leczenia czynnikami predykcyjnymi.

Markery prognostyczne

Wskazują na prawdopodobny przebieg choroby (rokowanie) niezależnie od sposobu leczenia. • Umożliwiają określanie stopnia zaawansowania nowotworu i jego potencjalnej złośliwości

Jakie są przykłady klasycznych (rutynowych) markerów prognostycznych dla pacjentów onkologicznych, które lekarz może ocenić w mikroskopie świetlnym po wybarwieniu tkanek barwieniem eozyną i hematoksyliną (HE),

Rozmiar guza pierwotnego, • stopień naciekania błony podstawnej przez nowotwór, • przerzuty, • typ histologiczny raka, • stopień złośliwości, • stan węzłów chłonnych określony w badaniu mikroskopowym, • pomocne są również markery molekularne

Stopień złośliwości histologicznej nowotworu (grading)

marker prognostyczny, ocena stopnia złośliwości histopatologicznej nowotworu.

Komórki epitelialne ekspresja

cytokeratyn, e kadheryny, plakoglobiny

komórki mezenchymalne eskpresja

N kadheryny, wimentyny, fibronektyny, metaloprotieinaz macierzy mmp

EGFR

rodzina receptorów dla naskórkowego czynnika wzrostu, są związane z kinaza tyrozynowej, należą do niej: • HER1/EGFR/ErbB-1 • HER2/ErbB-2

EGFR nie markerowe

HER3/ErbB-3, nie pełni funkcji markera • HER4/ErbB-4, nie pełni funkcji markera

Przyłączenie EGF do receptora np. HER2

wyniku tego ulega aktywacji kaskada sygnalizacyjna rozpoczynajaca się od białak RAS, on aktywuje szlak kinaz MAPK.

Szlak MAPK prowadzi do

procesów pronowotworowych: • Proliferacji • Modulowania/zahamowania apoptozy • Neoangiogenezy (tworzenia nowych naczyń) • Migracji i inwazji • Utraty różnicowania (grading)

RAS izoformy

KRAS, NRAS, HRAS

KRAS

• Najczęstsza izoforma • 90% pacjentów z nowotworem trzustki PDAC ma mutację w KRAS • 30% w CRC (rak jelita grubego) • 15-20-% w NSCLC (niedrobnokomórkowy rak płuca)

NRAS

• Rzadka izoforma • 18% MM (czerniak)

HRAS

Bardzo rzadka izoforma • Nie ocenia się diagnostycznie • Najczęściej u pacjentów z CC (rak szyjki macicy) – poniżej 10%.

Nowotwory leczone herceptyną (lekiem ukierunkowanym molekularnie):

• Nowotwór piersi (inwazyjny, zaawansowany) • Nowotwór żołądka (inwazyjny, zaawansowany) Musi być to inwazyjny nowotwór, ale także pacjenci muszą mieć nadekspresję białka lub amplifikację genu HER2.

HER2 (za dużo, upośledzony gen) pacjenci,; el

rak piersi, rak żołądka, lek herceptyna (trastuzumab)

KRAS (zdrowy gen) pacjenci, lek

PDAC, CRC, NSCLC, lek cetuksimab, leki z końcówką imab/umab/amab

BRAF (mutacja BRAF V600E Mutacja w genie BRAF w kodonie 600 zmieniajaca waline na kwas glutaminowy pacjenci lek

MM (czerniak), PTC (brodawkowaty rak tarczycy), CRC (rak jelita grubego), dabrafenib, wemurafenib

HER1 pacjenci lek

rak płuca gefitynib, lek erlotynib

Przykładowy wynik reakcji IHC dla białka HER2 – wg wystandaryzowanej skali oceny poziomów białka HER2 wg kryteriów DAKO HercepTest (rak piersi

Wykrywanie nadmiernej ekspresji białka HER2 powinno odbywać się wyłącznie w oparciu o nasilenie odczynu błonowego.